Die Gegenstimmen waren laut und redundant. "Den Koralmtunnel braucht kein Mensch", konstatierte der Verkehrsplaner Hermann Knoflacher im Jahr 2005. Es handle sich um ein "rein politisch begründetes Bauprojekt – unwirtschaftlich, international uninteressant". Ein Jahr danach wurde das "nutzlose" Bahnprojekt vom Bund aus Budgetgründen in die Warteschleife geschoben. ÖBB-intern war der Koralmtunnel umstritten, als "Milliardengrab" und "Fass ohne Boden" verschrien. Noch 2010 ritt Wirtschaftsforscher Karl Aiginger, damals Wifo-Chef, aus und forderte einen Projektstopp – obwohl schon 1,2 Milliarden Euro investiert worden waren. "Der Koralmtunnel wird nie rentabel zu betreiben sein", so Aiginger.