Durch die gegrabenen Tunnelröhren des Semmering-Basistunnels fließt derzeit kontinuierlich Wasser aus dem Berg ab. Dieser Umstand war bereits bei der Planungsphase des Milliardenprojekts bekannt und wurde auch von Umweltorganisationen kritisiert, denn der Tunnel führt durch stark wasserhaltiges Gebirge. Im Zuge der Umweltverträglichkeitsprüfung vor dem Baubeginn wurde ein Wasserabfluss von 450 Litern pro Sekunde genehmigt. Laut Angaben der ÖBB werden diese Mengen derzeit aber längst nicht erreicht, man bewege sich bei rund 220 Litern pro Sekunde.