Ende Oktober 2001 wurde er zum Direktor des Kärntner Landesmuseums bestellt, das er bis 2008 leitete. Am 16. Oktober ist Friedrich W. Leitner im Alter von 77 Jahren nach schwerer Krankheit verstorben. Der am 15. August 1945 in Stockenboi geborene Mittelalter-Experte war bereits nach der Pensionierung von Gernot Piccottini zum Interimsnachfolger ernannt worden. Leitner hatte bereits 2005 in einem Mail an die Landeskulturabteilung darauf hingewiesen, dass das "Haupthaus Rudolfinum ein kompletter Sanierungsfall" sei, in dem Mail wurden auch dringende Sanierungsmaßnahmen empfohlen – der vorgeschlagene Masterplan wurde damals von der Politik allerdings nicht ernst genommen. Leitner hatte nicht nur vergeblich um Mittel für die Neugestaltung seines Hauses gekämpft, sondern gegen die politisch motivierte Auslagerung des Fürstensteins.