1. Ist "S-Bahn-Tunnel" nicht einfach ein anderes Wort für die U-Bahn-Idee von Ex-Bürgermeister Siegfried Nagl?

Nein. Das einzig gemeinsame ist, dass beide Konzepte unter die Erde gehen. Ansonsten unterscheiden sie sich aber grundlegend. Der Hauptunterschied: Die U-Bahn wäre neben der bestehenden S-Bahn, der Straßenbahn und den Bussen ein eigenständiges, viertes System und brächte zusätzliche Umsteigebeziehungen, wie es die Planer nennen.