Kritiker sprechen bei den 2017 erlassenen neuen Vorschriften von einer Einschränkung der akademischen Freiheit und werten dies als gezielten Schritt von Ministerpräsident Viktor Orban gegen den gebürtigen Ungarn Soros. Orbans Regierung präsentiert den liberalen Financier Soros seit Jahren als "Staatsfeind Nr. 1" und wirft ihm unter anderem vor, absichtlich die illegale Einwanderung in die EU zu fördern. Der Konflikt um die CEU trug dazu bei, dass die Mitgliedschaft von Orbans Fidesz-Partei in der Europäischen Volkspartei (EVP) im März ausgesetzt wurde.

Die CEU will ihre in den USA akkreditierten Programme nach Wien übersiedeln, weil sie in Ungarn keine US-Abschlüsse mehr anbieten darf. Die ungarische Regierung hatte nach Medienberichten einem mit dem US-Staat New York fertig ausverhandelten diesbezüglichen Abkommen die Unterschrift verweigert.

Der Uni-Betrieb soll im Herbst interimistisch in einem sechsstöckigen Gebäude im Wiener Gemeindebezirk Favoriten starten. Dieser wurde in Ungarn einer größeren Öffentlichkeit wegen eines ausländerfeindlichen Facebook-Videos bekannt, das vor der ungarischen Parlamentswahl im Vorjahr der damalige Kanzleramtsminister Janos Lazar veröffentlicht hatte. In Favoriten seien die Pensionisten die einzigen verbliebenen Österreicher, so Lazar, der von "von großer Unordnung, viel Müll und Schmutz" und "Angst, in der die Menschen leben", berichtete.