Es sind mehrere Faktoren, die für die Schwäche der CSU verantwortlich sind. Dazu zählt der Konfrontationskurs von CSU-Chef Horst Seehofer in der Flüchtlingspolitik mit Kanzlerin und CDU-Chefin Angela Merkel. Der Konflikt schadet der gesamten Union und hat sich nicht abgemildert, seit ihn am 16. März Markus Söder als Ministerpräsident aus dem Amt gedrängt hat. Seehofer wurde in Berlin Innenminister und damit selbst für das Problem- und Konfliktfeld zuständig. Doch sein Kurs blieb konfrontativ und brachte die Große Koalition immer wieder ins Wanken. Noch stärker aber lasten die öffentlichen Reibereien zwischen Söder und Seehofer auf der Partei. Viele Wähler haben sich abgewendet, weil sie Söders Kurs für zu populistisch halten.

Längst hat die Diskussion über die Zeit nach der Wahl begonnen. Seehofer wird seinen Sessel räumen müssen, darin sind sich Beobachter und Parteigänger einig. Bei Söder ist das nicht ausgemacht, noch hat er namhafte Stützen in der Parteiführung, die ihm Zeit geben wollen, wenn er schnell eine Regierung aufstellt. Hinter den Kulissen werden immer wieder zwei Namen genannt. Vize-Ministerpräsidentin Ilse Aigner könnte Ruhe reinbringen in die CSU, sie verfügt über ausreichend Führungserfahrung. Noch heißer gehandelt wird der Europaparlamentarier Manfred Weber, der die EVP-Fraktion führt. Er will bei der Wahl 2019 als Spitzenkandidat für die europäischen Konservativen antreten. Viele halten es für möglich, dass er den Vorsitz übernimmt und gestärkt in den Wahlkampf geht.