Die Befürwortung des Gerichts durch die Staaten der Europäischen Union bezeichnete er als "Dogma". "Wir lassen den Internationalen Strafgerichtshof sterben", sagte Bolton. Er bedeute einen Eingriff in die staatliche Souveränität der USA.
Der als erzkonservativ bekannte Sicherheitsberater reagierte damit auf ein Ermittlungsersuchen der Chefanklägerin beim Strafgerichtshof in Den Haag gegen Mitglieder der US-Streitkräfte sowie der US-Geheimdienste wegen möglicher Kriegsverbrechen in Afghanistan. "Jeden Tag könnte der ICC die formellen Ermittlungen gegen amerikanische Patrioten ankündigen, die freiwillig ihr Leben riskierten, um unsere Nation, unsere Heimat und unsere Familien nach den Angriffen vom 11. September zu schützen", sagte Bolton.
In einem Bericht von November 2016 beschuldigt Chefanklägerin Fatou Bensouda (Gambia) US-Militärs und Mitglieder des US-Auslandsgeheimdienstes CIA, Häftlinge gefoltert oder brutal behandelt zu haben. Die Mehrheit der Vorfälle soll sich demnach zwischen 2003 und 2004 ereignet haben.
Die CIA hatte nach den Anschlägen vom 11. September 2001 ein Verhörprogramm entwickelt, um Terrorverdächtige zur Herausgabe von Informationen zu bewegen. Dazu gehörten Schlafentzug und das international geächtete "Waterboarding", also simuliertes Ertränken.