Am Beginn der Saison startete Peter Hyballa wieder im Erwachsenenfußball durch. Nach seiner Beurlaubung bei Sturm Graz im Mai 2012 war der Deutsche in Leverkusen als Co-Trainer der Kampfmannschaft und Trainer der U19 aktiv. In Nijmegen wollte er wieder durchstarten und er startete die Saison nicht schlecht.
Nach zuletzt nur einem Sieg aus zwölf Spielen zog Nijmegen einen Schlussstrich. Peter Hyballa wurde mit sofortiger Wirkung beurlaubt. Eine schwierige Entscheidung, sagt NEC-Direktor Bart van Ingen. "Peter Hyballa hat sich von Tag zu hundert Prozent für unseren Verein eingesetzt. Wir haben eine Menge Respekt für ihn als Person und Coach. Er hat alle Anstrengungen unternommen, um bessere Ergebnisse zu erzielen."