Das Museum besteht aus riesigen, ineinandergeschachtelten Glas- und Stahlflächen und wird von den Bauherren mit einer Kristallwolke verglichen. Das Haus liegt direkt am Zusammenfluss der Rhone und Saone mitten in der Stadt. Das am Samstag eröffnete Musee des Confluences ist allerdings nicht unumstritten, denn die Baukosten wurden um mehr als das Vierfache überschritten.