Natura-2000-Gebiete sollen helfen, den Lebensraum für gefährdete Pflanzen- und Tierarten zu schützen. In St. Veit und Feldkirchen sind unter anderem das Hörfeldmoor, Mannsberg/Boden oder die Tiebelmündung als Natura-2000-Gebiet ausgewiesen. Immer wieder hagelt es für die „Natura“-Pläne Kritik, wie etwa bei Ingolsthal oder beim Gebiet rund um Tiffen.