Zu den Hauptverkehrszeiten in der Früh zwischen 5.00 und 9.00 Uhr verkehren die Züge im Stundentakt, von 9.00 bis 23.00 Uhr gibt es einen Zweistundentakt. Nach wie vor fahren die Züge von Salzburg direkt nach Freilassing durch, Zwischenstopps an den S-Bahn-Haltestellen gibt es nur bei der Rückfahrt von Bayern. Ein Sonderfahrplan für das kommende Wochenende kann auf der ÖBB-Homepage unter "Aktuelle Streckeninformation" angesehen werden.

Offen ist laut Zumtobel derzeit noch, wann der Bahn-Fernverkehr nach München wieder aufgenommen wird.