Nach bisherigen Erkenntnissen der Ermittler wurde der Absturz von Co-Pilot Andreas L. bewusst herbeigeführt. Zum Zeitpunkt des Unglücks war er allein im Cockpit. Der Flugkapitän hatte die Kabine kurz verlassen, um auf die Toilette zu gehen. Er kam danach nicht zurück ins Cockpit, weil der Co-Pilot offenbar bewusst die Tür nicht öffnete.

Die "Bild am Sonntag" berichtete über das Gespräch zwischen dem Flugkapitän und dem Co-Piloten im Cockpit, das auf dem sichergestellten Stimmrekorder aufgezeichnet worden sei. Demnach erzählte der Pilot unter anderem, dass er es in Barcelona nicht geschafft habe, auf Toilette zu gehen. Der Co-Pilot habe ihm daraufhin angeboten, er könne jederzeit übernehmen. Einige Minuten später habe der Flugkapitän dann zu Andreas L. gesagt. "Du kannst übernehmen." Daraufhin verließ er offenbar die Kabine.

Als sich die Maschine später im den Sinkflug befand, ertönte im Cockpit ein automatische Alarmsignal, wie die "Bild am Sonntag" weiter berichtete. Der Pilot habe dann offenbar versucht, die Tür zum Cockpit mit Gewalt zu öffnen. "Mach die verdammte Tür auf", rief er demnach. Auch Schreie der Passagiere seien zu hören gewesen, bevor das Flugzeug dann an einem Bergmassiv zerschellte.